XL-MS (Proteinové zesíťování)

Tato metoda je založena na zesíťování proteinu pomocí činidel o specifické délce, které po jejich vazbě na protein a následné hmotnostně spektrometrické detekci dávají informace o vzdálenostech dvou postranních řetěžců aminokyselin. Touto technikou je možné detekovat a strukturně charakterizovat protein-proteinové interakce, nebo charakterizovat vzdálenosti v rámci struktury individuálního proteinu.

Kontaktní osoba: František Filandr


O’Reilly, F.J., Rappsilber, J. Cross-linking mass spectrometry: methods and applications in structural, molecular and systems biology. Nat Struct Mol Biol 25, 1000–1008 (2018). https://doi.org/10.1038/s41594-018-0147-0

Požadavky:

  •     Izolované proteiny nebo proteinové komplexy v roztoku
  •     Sekvence proteinů spolu s informací o jejich modifikacích
  •     Výběr vhodného zesíťovacího činidla po diskuzi s operátorem
  •     Vhodný pufr pro provedení zesíťovací reakce záleží na použitém zesíťovacím činidle; činidla obsahující reaktivní skupinu NHS (DSBU, DSPU, DSSBU, DSS, BS3, DSSO) reagují s primárními aminy, proto lze použít pouze pufry, které je neobsahují
  •     Přesné složení vzorku (koncentrace proteinů, složení pufru, možné kontaminace)

Výstupy:

  •     List unikátních spojů mezi aminokyselinovými zbytky zkoumaných proteinů ve formátu xlsx či csv
  •     Schématické znázornění spojů v proteinech získané pomocí xiView ve vektorovém, nebo bitmapovém formátu
  •     Validace a zobrazení detekovaných spojů v proteinových strukturách pomocí nástroje Xlink Analyzer (UCSF Chimera) v bitmapovém formátu spolu s analýzou, do jaké míry odpovídají detekované spoje danému strukturnímu modelu proteinu

Očekávaná dodací lhůta:

  •     2 – 3 týdny