HDX-MS (Vodík-deuteriová výměna s MS detekcí)
Přehled metody
Tato metoda je založena na detekci výměny amidických vodíků peptidové vazby proteinů za deuterium z roztoku. Tato výměna probíhá za fyziologického pH v řádu sekund až hodin a způsobuje hmotnostní posun kvantifikovatelný hmotnostním spektrometrem. Protože rychlost výměny je závislá na lokální proteinové struktuře a lokální přístupnosti solventu, je možné diferenčním experimentem sledovat proteinovou dynamiku, protein-proteinové nebo protein-ligandové interakce a jakékoli jiné děje, při kterých se mění stuktura proteinů nebo relativní lokalizace určitých částí proteinu.
Pro experiment je možné použít proteiny v jejich přirozeném pufru, takže výsledkem je informace při podmínkách blízkých fyziologickým.
Touto metodou je možné spolehlivě detekovat vazebné místo malých molekul, epitopy protilátek, protein-proteinové interakční rozhraní, ale také třeba interakční rozhraní proteinů a nukleových kyselin nebo strukturní změny na proteinech vlivem teploty či pH.
Požadavky:
- Hypotéza o fungování systému, detailní informace o vzorku
- Alespoň 50 µg proteinu pro každou z porovnávaných podmínek
- Jakýkoli pufr bez detergentů (neplatí v případě nutnosti u membránových proteinů), ideálně HEPES nebo TRIS
- Protokol přípravy vzorků, ať víme jaké kontaminanty očekávat
- Sekvence všech proteinů
Výsledky:
- Mapa oblastí, kde na proteinu dochází ke změnám v rychlosti vodík-deuteriové výměny
- Strukturní model s vyznačenými oblastmi, kde dochází ke změnám v rychlosti vodík-deuteriové výměny
- Pomoc s interpretací výsledků - určení interakčního rozhraní interagujicích proteinů, charakterizace proteinové dynamiky, nebo určení vazebného místa ligandu
Očekávaná dodací lhůta:
- 2 až 3 týdny
Pokud máte zájem o HDX-MS analýzu, kontaktujte nás!