S radostí můžeme oznámit, že HDX-MS robotika je nyní plně funkční. Po důkladném čistění, doplnění všeho spotřebního materiálu (objednávka jehel do robota trvala 7 měsíců...) a kompletní kalibraci a odladění máme plní funkční automatizaci přípravy HDX-MS vzorků od labellingu pomocí D2O přes quenching až po digestion a LC-MS analýzu.

Modifikovali jsme řadu kroků původní instrumentační metody na ovládání robota a získali jsme tak výrazně lepší reprodukovatelnost dat oproti původní Waters metodě se kterou je robot dodáván.

Další upgrade, který jsme zavedli paralelně s robotem, je nová metoda akvizice (tzv. HDX-DIA) a díky ní možná automatická validace všech HDX-MS dat, což je v současné době na tomto poli hlavní bottleneck.

Pomocí kombinace cyklické iontové mobility, MSe DIA akvizice dat a špičkového HDX-MS softwaru nyní sbíráme a analyzujeme kvalitní data ve dvou dimenzích, jak MS1 (celé hmoty peptidů) tak MS2 (fragmentace peptidů a MS analýza vznikajících fragmentů), což nám umožňuje automatickou validaci identity a hodnoty deuterace všech peptidů. To zkracuje dobu nutnou pro analýzu dat z typických dnů až týdnů manuální práce na jednotky hodin počítačového procesování. Náš HDX-MS throughput se tak nyní zvýšil zhruba trojnásobně!

Připravujeme nyní na náš nový přístup s iontovou mobilitou a MSe akvizicí metodickou publikaci a za dva týdny ho prezentujeme na HDX-MS 2026 konferenci ve Strasbourgu.

František Filandr
Tereza Nešporová